自特委机关入驻梅县后，兴梅各地党员发展迅速。至1939年底，仅梅县中心县委在梅县就建立了松口、松源、梅城、丙村、南口区委，梅蕉武边委、梅蕉边区委和一个领导县城各中学党支部的学委，党员人数达1200人。
1939年11月，为了贯彻党中央、南方局有关重要指示和选举“七大”代表，闽西南潮梅特委书记方方决定召开特委第六次执委扩大会议。
11月上旬，方方等领导由松口步行到松源镇田心村（现新南村）上新屋蛟花堂，梅县中心县委书记王维家里参加会议，出席会议的有书记方方、宣传部长谢育才、组织部长姚铎、青年部长伍洪祥、妇女部长苏惠、秘书长陈卜人和李碧山、吴作球、马发贤、刘永生、黄会斋、何浚、王维、黄芸、谢南石等全体执委和闽西、闽南、潮汕、梅县等地党组织代表共20多人。
会议着重研究了边区党组织的现状，根据南方局召开的大后方（国统区）青年工作会议精神，作出了要转变作风，克服张扬，“长期埋伏，积蓄力量，等待时机”“集中力量于巩固党的组织”，有计划地隐蔽、撤退干部，广泛打进的管、教、养、卫各个部门中去，利用合法身份进行斗争，要自上而下地开展整党审干，训练干部，加强全党学习，集中力量巩固党的组织，“自本日起至次年4月止，停止发展组织，个别需要发展的应得到县委批准”等各项决定。同时选举产生了、方方、边章伍、王维、伍洪祥、苏惠、谢南石等7人为闽粤赣边区出席党的七大代表。
会议标志着闽粤赣边区党组织，进入了更加艰苦复杂的抗日反击顽固分子斗争阶段。12月，梅县中心县委在梅城召开了党的代表会议，传达贯彻了闽西南潮梅特委第六次执委扩大会议精神，部署整党审干工作和做好应对突发事变的准备。随后特委接连发出《为加强抗战力量，反击顽固分子的进攻的指示》《关于加强巩固组织工作的指示》，指出反顽斗争必须结合各地群众要求民主人生就是博尊龙ag旗舰厅、改善民生的斗争，要以群众斗争的威力去打击顽固分子；在被迫作非法斗争时，只集中对付最坏的分子。文件强调要善于根据具体的环境、任务、地位、时间、特点去了解分析考察每一个党员或党支部；要善于解决群众的日常要求，进而建立党的群众基础；要依靠广大党员建立健全组织系统泮坑，建立职业化、群众化的领导机关，掩护党的工作。并在梅县城郊芹菜洋举办中心县委、县委干部训练班，参加者30余人，由方方、陈卜人、黄会斋授课。
1940年3月，方方在南口镇牙下村召开一次领导干部会议，出席会议的有李碧山、梁集祥、陈英纯、曾应之等人。方方作了国际国内形势的报告，传达了中央和南方局的指示。从此，梅县各地党组织的工作重点普遍转入整党审干，考察全体党员，对顽固派的倒退进行坚决而适当的斗争。
6月，梅县中心县委将县、区一些已暴露或有暴露风险的领导干部撤离一线月，中心县委辖属的机构调整为兴宁、梅城、南口、丙村、屏白、松口、松源、武平象洞八个区委，一个学委和蕉岭、梅南两个总支部，党员600多人。
全梅州党组织经过半年左右的整顿审查，收缩了组织机构，改掉了张扬的工作方法，转移了已暴露的干部，放弃了不坚定的分子，增强了全党的保密防范意识，从而达到了组织转入地下隐蔽安全的目的。
1940年6月，特委加强埔永梅地区党的领导，特委机关从梅县泮坑（现梅江区三角镇）迁至大埔西河。同年10月，中央南方局为适应顽固派正加紧发动第二次高潮的形势需要，加强南方各省的组织领导，报请中央批准，成立南方工作委员会和西南工作委员会，作为南方局的两大派出机构。
南方工作委员会（简称“南委”，或称“后南委”，因为1936年北方局曾派员成立临时南委，负责在广东、广西、云南、福建、潮梅等地恢复和重建组织；七七事变后，中央派出张文彬赴南方对临时南委进行整顿，并且在此基础上建立了南方工作委员会，在党史上称为“前南委”），下辖江西省委蟠龙山滑雪场、潮梅特委蟠龙洞、粤北省委、粤南省委、琼崖特委、湘南特委、闽西特委、闽南特委和广西工委及东江纵队，负责联络上海、江苏、香港（包括海外）等地的组织和情报隐蔽战线事宜。南委领导由方方任书记，张文彬任副书记兼组织部长，郭潜任组织部副部长（后任组织部长），涂振农任宣传部长。南委机关仍设在大埔西河竞业楼员饶德安家。
12月，南委指示潮梅地区党代表在揭阳县召开会议，组成了以姚铎为书记的潮梅特委，同时撤销包括梅县中心县委在内的四个中心县委。潮梅特委下辖九个县（工）委，其中梅州地区有梅县工委，丰顺县工委，兴宁县工委盘龙翠谷极地冰雪大世界，大埔县委由南委直接领导。
1941年1月，顽固派制造了震惊中外的皖南事变盘龙山九莲洞，掀起新的高潮。南委领导针对局势，改变领导体制，实行特派员制的单线联系。南委机关由西河先后转移到、高陂、埔南大埔角，灵活领导粤南、粤北、潮梅、闽西、闽南、江西、广西、湘南、琼崖、东纵等地党组织和抗日救亡运动。
1942年5月，江西省委组织机构遭严重破坏。不久，准备与江西省委接头的南委组织部长郭潜遭捕叛变。在他的出卖下，粤北省委书记李大林夫妇、组织部长饶卫华盘龙洞、交通站长司徒丙鹤夫妇和等先后被逮捕。6月初，又在郭潜的引领下，逮捕了南委机关宣传部长涂振农，副书记张文彬和交通员王亚华、蔡选英、杜修田、杨保华、丘鸿耀盘龙大观园。南委机关及其下属机构遭到了的严重破坏，史称“南委事件”人生就是博尊龙ag旗舰厅。
“南委事件”发生后，方方临危不乱，一边指挥机关疏散，一边致信闽西、闽南两特委，指示停止派人到南委联系，特委机关人员暂时分开到安全的支点山上隐蔽，并做好一年半载独立活动的思想准备。派人通知姚铎、林美南，指定他俩以南委秘书处名义，向东江、桂林等地党组织报警，并取得联系，以便向重庆、延安报警。同时派人打通上海、重庆两条路线，以备急用人生就是博尊龙ag旗舰厅。为了保障不再出意外，方方还派人直接到重庆报告情况盘龙山九龙峡景区，而他和身边的工作人员暂以商人面目出现。
8月中旬，方方分别约见李碧山和林美南，研究了潮梅地方党安全撤退和应付更艰难的斗争环境的问题。包括在山区支点训练一批能过艰苦生活，又能深入群众、广交朋友的干部，以便利这些干部撤退及开展其他工作，设立小电台，收听延安广播，了解形势的发展变化，准备身份证、路条和调查撤退路线，为撤退转移做好准备。
10月，方方接到林美南转来的南方局传达信，结合潮梅、闽西、闽南革命斗争的实际，分别致信三地特委领导人，对应变工作作出补充部署：撤退不是“卷土而走”，党组织停止活动后，原有支部或小组要留根子，确保政治可靠的党员作观察员，了解党员表现，为将来恢复时作好准备；撤退并非溃退，要有组织有准备进行，先撤退已经暴露的干部，各级留联络员和观察员，党员实行勤职、勤学、勤交友；潮汕沦陷区党组织继续活动，开展武装斗争。方方还指定李碧山为南委联络员。
部署好工作后，方方即转移到永定峰市高寨背村，开办陈瑞记商行经营“跑行江”生意，继续以经商作掩护。10月31日，方方被当地土匪视作富商绑架勒索，周恩来指示不惜代价营救。员邹子招、永定县委书记张春汉抵押家产，交3万元赎金后才脱险蟠龙山长城。方方后又转移到梅县桃尧桃源村，12月8日转移到隆文。方方由梅县副特派员谢毕真护送到松口与林美南会面，离开隆文时交出4000元活动经费，指示王立朝、张春汉、谢毕线人到赣南去做生意掩护。12月21日，方方与林美南一起到达揭阳。
1943年5月24日，方方由吴南生护送到丰顺县汤坑镇，再由南委交通员王华生护送，经兴宁、曲江、衡阳、桂林、贵阳等地，于6月初安全抵达重庆南方局机关驻地标称电容，随后随周恩来赴延安党中央所在地。随着方方离开潮梅，南委机关取消，工作停止。